Esto provocó que el aspecto exterior del templo en 1830 no estuviera a la altura de lo que pudiera ser esperable en una calle de la importancia de la del Arenal, arteria que desemboca nada menos que en la Puerta del Sol.
Es en este momento cuando vemos a la iglesia reproducida en la maqueta Modelo de Madrid, conservada en el Museo de Historia de la capital en dos imágenes que nos permiten ver la iglesia por los cuatro costados, incluyendo detalles como las ventanas circulares ¿tapiadas? de la Capilla del Santo Cristo a la calle del Arenal.
La reforma y ampliación de la Puerta del Sol entre 1854 y 1860 y los nuevos y muy modernos edificios que se iban construyendo en la calle del Arenal, no hicieron más que poner más evidencia la ruina en la que se estaba convirtiendo la iglesia de San Ginés. Tal fue así que incluso se llegó a presentar un proyecto de demolición para crear una plaza con jardines.
Finalmente, en 1869, el Ayuntamiento de la capital, por medio del arquitecto José María Aguilar, decidió transformar el lado norte, que daba a la Calle del Arenal. Esta propuesta se caracteriza por la introducción de elementos decorativos procedentes de la arquitectura renacentista española que jamás habían existido en la iglesia. La propuesta no fue del agrado del obispado ni del párroco de la iglesia, José Moreno Montalbo, quien decía: